底地権者が第三者の保有する借地権を買い取る際には、税務上いくつかの注意すべき点があります。主なポイントは以下のとおりです。

1．買取り価額の妥当性

1. 適正な時価での取引か：借地権の買取り価額が適正な時価から大きく乖離している場合、税務上の問題が生じる可能性があります。特に、著しく低い価額で買い取った場合、差額が贈与とみなされたり（個人間の場合）、寄付金とされたり（法人の場合）する可能性があります。逆に、著しく高い価額で買い取った場合は、その経済合理性が問われることがあります。
2. 時価の算定：時価の算定は、路線価、公示価格、不動産鑑定士による鑑定評価額などを参考に、個別の事情を考慮して行われます。

2．所得税（個人の場合）または法人税（法人の場合）

1. 減価償却：底地権者が借地権を買い取ると、土地と借地権が同一人に帰属することになり、借地権は消滅します。ただし、会計処理や税務処理においては、買い取った借地権の価額を土地の取得価額に含めて処理するのが一般的です。土地は減価償却資産ではないため、借地権部分も減価償却の対象とはなりません。
2. 登録免許税・不動産取得税：借地権の買取りに伴い、所有権移転登記が必要となり、登録免許税が課税されます。また、不動産取得税も課税対象となります。これらの税額は、固定資産税評価額や買取り価額に基づいて計算されます。
3. 借地権者側の税金：借地権を売却した側には、譲渡所得として所得税・住民税（個人の場合）または法人税（法人の場合）が課税されます。買取り価額はこの譲渡所得の計算基礎となります。

3．相続税・贈与税

1. 財産評価：借地権を買い取ることにより、底地は更地としての評価に近づきます。将来的に相続や贈与が発生した場合、相続税評価額や贈与税評価額に影響を与える可能性があります。一般的に、借地権付きの土地（底地）よりも更地の方が評価額は高くなる傾向があります。
2. 小規模宅地等の特例：借地権の買取りにより土地の利用状況が変化する場合、相続税の小規模宅地等の特例の適用要件に影響を与える可能性も考慮が必要です。

4．消費税

1. 土地の譲渡は非課税取引ですが、建物が付随している場合や、借地権の取引が事業として行われる場合には、消費税の課税関係が生じることがあります。通常、借地権の譲渡は土地の譲渡と同様に非課税とされることが多いですが、契約内容や実態に応じて個別に判断が必要です。

5．特に注意すべきケース

1. 同族関係者間の取引：親族間や関連会社間など、同族関係者間で借地権の売買が行われる場合は、買取り価額の妥当性がより厳しく問われる傾向があります。税務当局から取引の否認を受けないよう、客観的な根拠に基づいた価額設定が重要です。
2. 著しく低い価額での買取り：前述のとおり、時価よりも著しく低い価額で買い取った場合、差額について贈与税や寄付金課税の問題が生じる可能性があります。重要な注意点。
3. 税務の取り扱いは、個別の契約内容、当事者の状況（個人か法人か、関係性など）、取引の経緯などによって大きく異なる場合があります。