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　いわゆる「来料加工」による加工賃に係る消費税の取扱いについて、国税庁サイト上で文書回答事例として公表されています。

○外国の親会社から無償で支給される原材料を輸入し、国内の工場において半製品に加工して加工賃を受け取る取引における消費税の取扱いについて
http://www.nta.go.jp/tokyo/shiraberu/bunshokaito/shohi/170622/index.htm
 
　「来料加工」とは、中国の会社が海外から無償で原材料等を輸入しそれを加工、再輸出して加工賃代を受取るものです。
　これを中国ではなく日本国内において行った場合には、その加工賃代に係る消費税はどうなるの？　というものです。

　結論として、加工賃代は『国内において事業者が行った資産の譲渡等』に該当し、また輸出免税に該当することが見解して述べられています。

　また、無償での原材料輸入ですが、輸入の際には、輸入申告書を税関長に提出し、輸入消費税を納めていることから、当該輸入消費税は、原材料を引き取った日の属する課税期間において控除することができる旨の見解も述べられています。

　いずれの見解についても、東京国税局は差し支えない旨の回答が示されていました。

　詳しい内容は、上記URLよりご確認ください。

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